DNA-Spirale



FÜR ÄRZTE UND THERAPEUTEN

Sequenzierung liefert einseitigen Blick

Eine Sequenzierung gibt immer nur die prozentuale Menge der nachgewiesenen Bakterien-Arten oder -Gruppen an. Ob die Zellzahlen insgesamt hoch oder niedrig sind, lässt sich anhand einer Sequenzierung nicht ermitteln. Das kann zu einer Fehl-Interpretation der Daten führen.

Während kulturelle Methoden und die quantitative PCR absolute Zahlen liefern, wie viele der nachgewiesenen Bakterienarten oder -gruppen sich in einer Probe befinden, kann eine Sequenzanalyse nur die prozentuale Verteilung angeben. Das kann zu falschen Interpretationen der Daten führen, wie eine wissenschaftliche Untersuchung gezeigt hat. Die Untersuchung wurde in der renommierten Fachzeitschrift Nature veröffentlicht.1

Gesamtzellzahl nicht bekannt

Das Kern-Problem: Die Gesamtzellzahl als wichtiger Stabilitätsmarker der Mikrobiota bleibt bei der Sequenzierung außer Acht. Dabei kann gerade eine niedrige Gesamtzellzahl eine aus dem Gleichgewicht geratene Mikrobiota verlässlich anzeigen. Eine niedrige Gesamtzellzahl steht mit verschiedenen Erkrankungen in Zusammenhang - ein Beispiel dafür ist Morbus Crohn.

Damit haben auch die Muster der nachgewiesenen Bakterienarten und -gruppen, wie sie die Sequenzierung liefert, nur eine begrenzte Aussagekraft - solange sie nicht mit absoluten Zellzahlen untermauert werden. Zum Beispiel kann die Sequenzierung das Muster einer gesundheitsfördernden Zusammensetzung der Mikrobiota ausgeben, obwohl die Zellzahlen für eine gesundheitsfördernde Mikrobiota in der Probe viel zu niedrig sind.

Unterscheidet sich die Gesamtzellzahl zwischen untersuchten Proben stark und werden die Unterschiede nicht berücksichtigt, behindert das außerdem die Versuche, Mikrobiom-Merkmale mit quantitativen Daten wie physiologischen Parametern oder Metabolit-Konzentrationen in Verbindung zu setzen. Das macht es schwierig, krankhafte Veränderungen im Körper mit Veränderungen der Mikrobiota in Beziehung zu setzen.


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